生物工程实验中心主要包括天然药物化学实验室、发酵工程实验室及酿造实验室。承担了生物工程专业实验、生物工程实践实习、酿造工艺学实验、特种白酒项目酿造实验、葡萄酒酿造试验等多个教学辅助实验，给学生提供良好的平台，并完成一定的科研和大创活动。
发酵工程实验室，配备了葡萄酒酿造的整套设备（包括发酵罐、沉淀罐、调配罐和灭菌设备），多功能发酵罐，灭菌锅，白酒酿造及蒸馏设备。发酵工程实验室是集新型发酵、传统发酵、食品工程、食品添加剂、功能性食品、生理活性物质等研究及分析检测为一体的综合性实验室。该实验室主要承担食品安全专业和生物工程专业发酵工程实验、果酒酿造、白兰地蒸馏、制曲、黄酒酿造、白酒酿造、白酒蒸馏及纳豆生产等实验。同时，该实验室还承担专业实践实习环节，部分学生的毕业设计及创新团队活动等。实验室各项目的开展，为提高本科学校生物工程专业学生实践能力的提高，打下坚实的基础。
