沈阳农业大学微生物学科始建于1952年，1990年经国家批准为硕士点，是当时东北地区高等院校中唯一的微生物学硕士点，2018年在生物学一级学科下设置微生物学博士研究生招生专业。本着教学与科研相结合，基础研究与应用研究相结合的宗旨，以立足辽宁，服务东北，辐射全国为目标，凝练为酶工程与发酵工程，资源微生物两个稳定的研究方向。
本学科具有老中青12人组成的教学科研队伍，其中教授3人，副教授6人，讲师3人，师资力量雄厚，梯队结构合理，多人次入选辽宁省“百千万人才工程”、“辽宁省高等学校杰出青年学者成长计划”、“辽宁省高校优秀人才支持计划”、辽宁省“十百千高端人才引进工程”、辽宁省特聘教授、辽宁省学术头雁、沈阳市高校优秀教师、沈阳农业大学天柱山英才支持计划等。
近年来承担了国家自然科学基金、辽宁省自然科学基金、辽宁省科技计划项目、辽宁省高校优秀人才支持计划和辽宁省高校杰出青年学者支持计划、兴辽英才计划青年拔尖人才项目等60余项科研课题，累计获得科研经费一千多万元。在Carbohydr Polym、Bioresour Technol、Food Chem、J Agric Food Chem、J Struct Biol、Mol Biol、Int J Biol Macromol、Appl Microbiol Biotechnol、Anal Biochem、Bothalia、Arch Virol、Biochimie等国际重要期刊上发表发表研究论文二百余篇，其中SCI论文100余篇，申请专利10余项，出版学术专著3部。获辽宁省科技进步二等奖1项，辽宁省农业厅一等奖1项，辽宁省学术成果一等奖1项，辽宁省优秀新产品三等奖1项。
酶工程与发酵工程方向，本研究方向多年来，在分子定向进化及其酶设计改造的基础上，综合使用合成生物学手段和基因编辑技术等，从表达质粒构建、表达宿主改造以及发酵条件优化等方面展开研究，从而建立和完善酶的高效表达平台，为酶的工业化制备奠定基础。重点筛选的有果聚糖酶、木聚糖酶、阿魏酸酯酶和葡聚糖酶等多种具有重要生产应用价值的微生物酶，以及PBS、PLA、PCL、PHA、PP、PS、PE、PET及其共聚酯等高分子材料的降解微生物选育、降解酶的克隆表达及纯化表征和降解酶的应用等，还进行真菌多糖构效关系研究，为进一步开展分子修饰改善天然多糖的生物学活性奠定基础。同时，本研究方向多年来致力于利用古龙酸菌和内生芽孢杆菌混菌发酵产Vc机制研究，探索Vc工业生产的共培养发酵过程的条件优化。
资源微生物方向，本研究方向多年来主要从事东北地区野生食、药用大型真菌资源调查、采集，以此为研究对象进行分类鉴定与分子进化的研究，对食、药用菌资源中主要类群进行系统发育关系的重建，如香蘑属、铦囊蘑属等，以具有较高食用和药用价值的真菌作为材料进行人工驯化与发酵工艺的优化，并对其功能活性物质进行相应的研究，进行相关产品的开发与利用。同时，在微生物、植物中抗逆境相关基因和蛋白的挖掘、抗逆境相关蛋白的分子改造、抗逆境胁迫植物基因工程等方面开展工作，还致力于微生物种群遗传学和分子生态学研究，并利用微生物资源为农业生产服务。
